不銹鋼巴氏殺菌機工作原理是在一定溫度范圍內，溫度越低，細菌繁殖越慢；溫度越高，繁殖越快。但溫度太高，細菌就會死亡。不同的細菌有不同的適生長溫度和耐熱、耐冷能力。巴氏消毒其實就是利用病原體不是很耐熱的特點，用適當的溫度和保溫時間處理，將其全部殺滅。但經巴氏消毒后，仍保留了小部分無害或有益、較耐熱的細菌或細菌芽孢，因此巴氏消毒牛奶要在4℃左右的溫度下保存，且只能保存3~10天，多16天。
目前市面上使用的巴氏殺菌程序種類繁多。“低溫長時間”(LTLT)處理是一個間歇過程，如今只被小型乳品廠用來生產一些奶酪制品。
“高溫短時間”(HTST)處理是一個“流動”過程，通常在板式熱交換器中進行，如今不銹鋼巴氏殺菌機被廣泛應用于飲用牛奶的生產。
通過該方式獲得的產品不是無菌的，即仍含有微生物，且在儲存和處理的過程中需要冷藏。
“快速巴氏殺菌”主要應用于生產酸奶乳制品。
上通用的巴氏高溫消毒法主要有兩種：
一種是將牛奶加熱到62~65℃，保持30分鐘。采用這一方法，可殺死牛奶中各種生長型致病菌，滅菌效率可達97.3%~99.9%，
經消毒后殘留的只是部分嗜熱菌及耐熱性菌以及芽孢等，但這些細菌多數是乳酸菌，乳酸菌不但對人無害反而有益健康。
第二種方法將牛奶加熱到75~90℃，保溫15~16秒，其殺菌時間更短，工作效率更高。但殺菌的基本原則是，能將病原菌殺死即可，溫度太高反而會有較多的營養損失。
在使用不銹鋼不銹鋼巴氏殺菌機前，為了確保機器的正常運行，需要做如下的性能測試：
一、首先打開真空泵奶泵循環水泵的冷卻水，使冷卻水供應充分。
二、檢查冷卻水水箱，確認水箱中有水。檢查真空表是否在零位及各泵接口，四段式殺菌器各接口是否接對，各接口有無松動露氣，檢查無誤后，再進行下一步操作。
三、先不要開泵空泵，用水在四段式殺菌器從閃蒸器間循環待加熱溫度升起后，可以進料。
四、同時打開四段式殺菌器供料泵及閃蒸器出料泵，使閃蒸器內料液液面保持在視鏡中線以下位置，待料液面平穩后，進行下一步工作。
五、打開冷卻水循環系統，使冷卻水液面保持在冷卻水液面保持在冷卻器鏡中線位置開始循環。
六、開真空泵開泵前，先將真空泵關閥然后逐漸開啟讓真空泵升高。
七、在真空泵升高過程中，因真空泵影響閃蒸器出料泵，出料呈減小，液面上升必須關小四段式殺菌器進料口，使液面穩定。因此時真空泵不必達到大（0.08）。
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